В настоящей статье университет рассматривается как аналог социально-экономической экосистемы, ориентированной на создание, аккумуляцию и распространение научных и научно-прикладных знаний. В настоящее время большинство университетов управляется на основе дисциплинарной структуры. Попытки внедрения компетентностного подхода, ориентированного на подготовку студента к эффективной деятельности на будущем рабочем месте, деформируют дисциплинарную структуру, фактически не предлагая взамен столь же прочной таксономии. В итоге университетское образование находится между двумя «огнями»: устоявшейся когнитивной структурой и недостаточно обоснованной компетентностной структурой. Формулируется концепция междисциплинарного системного управления университетом, направленная на развитие системных свойств университета, обеспечение его целостности в пространстве и непрерывности во времени. Обосновывается целесообразность матричной структуры управления университетом, базирующейся на дисциплинарной структуризации университета как совокупности базовых монодисциплинарных подразделений (факультетов, институтов), междисциплинарных экспертных комитетов и общеуниверситетских системных офисов.