В статье с позиций системной парадигмы исследуются сущность, понятие, особенности и структура социально-экономических экосистем. Показывается, что внутренняя структура экосистемы изоморфна структуре тетрады – комплекса четырех устойчиво взаимодействующих систем: объектной, средовой, процессной и проектной. Предложено понятие апоптоза как предопределенного прекращения функционирования системы по истечении определенного периода времени или при выходе системы за границы определенной зоны пространства. Показано, что апоптоз является естественным механизмом функционирования и развития экосистем. Раскрываются взаимоотношения между экосистемами, кластерами, платформами, сетями и инкубаторами. Установлено, что понятие экосистемы может служить своеобразным зонтиком для понятий кластеров, платформ, сетей и инновационных инкубаторов, а каждая экосистема содержит в своем составе подсистемы, аналогичные по строению и функциям четырем системам указанных классов.