Сбалансированность является одним из краеугольных концептов экономики. Исследователи выделяют различные виды сбалансированности: товарно-денежную, отраслевую, территориальную, межпериодную сбалансированность и др. Универсальное представление социально-экономических систем в виде комплекса объектных, проектных, средовых и процессных систем позволяет поставить вопрос о системной сбалансированности, то есть пропорциональности масштабов этих подсистем в составе системы. Соответственно, возникает понятие системной сбалансированности экономики субъектов РФ, федеральных округов и страны в целом. Основная задача работы состоит в том, чтобы дать количественную оценку системной сбалансированности каждого субъекта и определить текущее соотношение системно сбалансированных и несбалансированных субъектов РФ. Использование этих соотношений при разработке социально-экономической стратегии РФ позволит добиться увеличения связности социально-экономического пространства, преемственности и целенаправленности социально-экономической политики во временном аспекте и устойчивого развития национальной экономики. В данной статье на базе положений и методов системной экономической теории проводится оценка системной сбалансированности экономики России в региональном разрезе. Рассчитывается индекс системной сбалансированности субъектов РФ, федеральных округов и страны в целом. Выявляются группы субъектов РФ с высокой, средней и низкой степенью системной сбалансированности. Исследуется динамика состава групп регионов-лидеров и регионов-аутсайдеров по степени системной сбалансированности за 2012–2016 гг. Строится тепловая карта системной сбалансированности экономики России в региональном разрезе. Определяются ориентиры системной экономической политики территориального развития, направленные на рост числа системно сбалансированных регионов. Обосновывается необходимость включения в стратегию субъектов РФ раздела, отражающего пропорции между развитием объектной, средовой, процессной и проектной подсистем региона.