Поиск надежных микрооснований для модернизации экономической теории, переживающей вместе с реальной экономикой период кризиса, стал одним из основных направлений развития экономической науки. Системная парадигма в экономике, выдвинутая в начале 2000-х годов Я. Корнаи и развиваемая применительно к микроэкономическому уровню в течение ряда лет в ЦЭМИ РАН, ИЭ РАН, ИЭ УрО РАН, ВНИИСА РАН, ВолГУ и др. научных центрах, может стать фундаментом для решения многих теоретических и практических задач управления предприятиями, регионами и другими социально-экономическими системами. Развитие данной парадигмы позволило дать классификацию типов социально-экономических систем и их функций в экономике, разработать рекомендации по гармонизации экономики на базе паритета системных типов. В данной работе, выполненной при финансовой поддержке РГНФ, проект 09-02-00479а, изложены новые результаты исследований в указанном направлении. Предложены подходы к функциональному моделированию экономических систем. Показывается, что взаимодействие экономических систем осуществляется не произвольным образом, а на основе устойчивого «разделения труда» между системами четырех базисных типов в соответствии с вполне определенной схемой, реализующей так называемую «паркетную» структуру организации экономики. Эта структура состоит из сочленения групп из четырех экономических систем базисных типов (объект, проект, среда и процесс), реализующих четыре основных экономических функции (производство, распределение, потребление и обмен) и обменивающихся в этих целях ресурсами времени, пространства, активности и интенсивности. Эти результаты позволяют обосновать рекомендации по управлению предприятиями и формированию межфирменных отношений, обеспечивающие сочетание модернизации и устойчивости развития экономики.