Представлен расширенный текст научного доклада на заседании Президиума РАН 15 июня 2010 г. В статье излагаются наиболее существенные nрезультаты исследований, направленных на модернизацию экономической теории на базе системной парадигмы Я. Корнаи и развитие теории экономических систем. Обоснована фундаментальная типология экономических систем, определены роли объектных, средовых, процессных и проектных систем в функционировании экономики. Показано, что структура взаимосвязи четырех типов систем и четырех общеэкономических функций (производство, потребление, распределение, обмен) имеет вид своеобразной двойной спирали, что обеспечивает надежность их реализации. Выявлены ключевые компетенции систем каждого типа в обеспечении баланса между гомогенностью и гетерогенностью экономического пространства, волатильностью и стабильностью траекторий экономического развития. На основе полученных результатов разработана типология взаимоотношений между системами четырех базовых типов, показана закономерность возникновения в экономике тетрад — групп из систем четырех типов, образующих функционально устойчивую конфигурацию. Предложена концепция гармоничного развития экономики, опирающаяся на паритет основных типов экономических систем. Полученные результаты применяются к анализу макроэкономической политики государства, совершенствованию институтов управления экономикой на макроуровне и на уровне предприятий и организаций.