В статье выдвигается концепция системной модернизации предприятий как компромисса между административно-организационной модернизацией и органической эволюцией предприятия. Уточняется и развивается понятие предприятия, исследуются эмпирические данные о состоянии российских промышленных предприятий, определяются ключевые компоненты и мероприятия стратегии системной модернизации отечественных предприятий. Показывается, что определение понятия и сущности предприятия зависит от принятого подхода к структуризации социально-экономического пространства страны на макроуровне. Обосновывается целесообразность рассмотрения предприятия в контексте четырехзвенной структуры общества «государство — социум — экономика — бизнес», выделяющей бизнес как функционально обособленную сферу деятельности. Такой подход позволяет более адекватно описать среду функционирования предприятия и проанализировать взаимосвязи внутренних и внешних факторов модернизации. Анализ данных дистанционного обследования промышленных предприятий по выборке журнала «Российский экономический барометр», содержащейся в работе, приводит к выводу о неблагополучном состоянии более половины российских предприятий и позволяет выявить факторы внешней и внутренней среды, препятствующие активизации инновационной деятельности предприятий. Ведущими среди таких факторов являются нарушение внутренней целостности предприятий, несбалансированность влияния основных групп участников производства на принимаемые решения, слабый учет интересов развития хозяйствующих субъектов при определении экономической политики государства. Сочетание концептуальных продвижений с исследованием эмпирических данных и методологическими достижениями новой теории экономических систем дает возможность обосновать основные направления стратегии модернизации российских предприятий как необходимого условия социально экономического развития страны. Предложен комплекс стратегических мер, которые затрагивают как внутреннюю организацию предприятий, так и отношения предприятий с государственными, рыночными и предпринимательскими и социальными структурами, а также нацелены на создание системы устойчивого инновационного развития предприятий всех отраслей экономики, форм собственности и организационно-правовых форм, размеров и территориального расположения. Несущим элементом предлагаемой конструкции должны стать механизмы многоуровневого и многостороннего стратегического планирования, дополняющие механизмы рыночной и административной координации деятельности социально-экономических субъектов всех уровней экономики.