Основная цель данной публикации, подготовленной при финансовой поддержке РФФИ, проект 11-06-00099-а, показать связь между особенностями системной организации экономики и проблемами развития отечественных предприятий. Мы показываем, что в основе структуры взаимодействия предприятий, рынков, процессов логистики и воспроизводства лежат закономерности группировки экономических систем четырех базовых типов – объектов, сред, процессов и проектов. Такой подход дает возможность определить пути построения рациональной структуры интеграционных связей предприятий с другими видами экономических систем, обеспечивающих в условиях модернизации устойчивое и эффективное функционирование товаропроизводителей в нестабильной экономической среде.