В статье дается краткий очерк генезиса и структуры и целевой ориентации системной экономической теории и ее основных разделов. Показывается, что применение теории, основной единицей анализа которой являются экономические системы – относительно устойчивые в пространстве и во времени экономические образования и явления, к проблеме преодоления кризиса и дальнейшей стабилизации российской экономики требует пересмотра многих традиционных взглядов на соотношение между инновационными и консервационными элементами экономики, обосновывается целесообразность сохранения субъектного состава экономики на макро-, мезо-, микро- и наноэкономических уровнях. Обосновывается необходимость «достройки» субъектной структуры экономики за счет придания отраслям экономики статуса экономического субъекта. Раскрываются перспективы совершенствования управления экономикой в контексте применения системной экономической теории.