Новая теория экономических систем (см. (Клейнер, 2010, 2011)) открывает возможности проведения экономического анализа реальных социально-экономических систем в аспектах и ракурсах, не исследовавшихся ранее. Такое исследование позволяет выявить ряд фундаментальных проблем в функционировании таких систем и разработать подходы к их решению. В данной работе, выполненной при финансовой поддержке РГНФ, проект № 11-02-00261а, положения и результаты этой теории применяются для системного анализа структуры и функционирования Международного университета природы, общества и человека «Дубна». Взгляд на Университет с позиции новой теории экономических систем позволит руководству более четко представлять особенности объекта управления, и добиться повышения эффективности его деятельности. Такой анализ базируется на построении т.н. системной карты Университета «Дубна» – графического изображения состава подсистем изучаемого объекта и взаимосвязей между ними.